福智佛教學院設有佛教學系，以深入成佛道次第為主軸，開展佛法應用於關注、解決社會問題。未來將申辦實驗大學，針對當前教育日益僵化的教學方式提出實驗構想，成立心智健康與照護、有機農業與生態、環境營造與藝術等系所，以古坑國際心靈生態村為實踐場域，打造人人嚮往的身心靈健康與幸福人生的共創與共生聚落。
佛教學院與實驗大學雖依不同法源而設立，但兩者使用同一個校園，師資相互支援，共同構成福智的大學。
佛教學院佛教學系
一個讓生命喜悅的學習園地
佛教學系以聽聞、思惟佛法經典及結合內心的辯論實修為核心，大學部建立佛法、儒家的學修基礎，透過書院教育鍛鍊關懷社會的實踐力，建立正向積極的人生觀，涵養胸懷天下蒼生的視野與胸襟。
碩士班/博士班分成佛教經典組及佛法應用組，在佛法經典上特別以深入中觀、因明為主軸，更以佛法在面對未來社會變革的應用為特色，開展佛法應用在教育、管理、科學的各種研究，關注、解決地球問題。
教育目標
人才＝讓自己和他人都能幸福
培養深入成佛之道教理實踐的研修人才。
培養佛法學修兼備善巧應機的弘法人才。
培養敬業樂群並能運用佛法的利生人才。
核心素養
素養＝知識+態度+技能的全方位展現
緣起觀 -聞思深廣，能認識成佛的道次第及儒家聖賢之道，並具有深入思辯及學術研究的思辨力。
自律力 -自律自重，能結合心續，依業果正見，具備戒行持犯、克己復禮與善行實踐的自律力。
溝通力 -善巧表達，能夠如理聽聞與闡揚佛法及儒家內涵，具有應機教學與帶動研討的溝通力。
恭敬心 -虔誠恭敬，能使自他生起對三寶虔誠信仰，恭敬師長、孝順父母的調心力。
和合力 -和合領導，具有將佛法、儒家內涵應用於和合大眾，解決各項事業問題、創造自他幸福的和合力。
自學力 -解決問題，具有國際視野，能多元跨域、自主學習，從事領導、整合與研發的自學力。
課程規劃
智慧＝洞悉宇宙人生真理、如理抉擇
以菩提道次第廣論、南山律在家備覽及五部大論為核心課程，
業果教育為中心，延伸到空性，開正知見之眼，
透過儒佛會通將佛法智慧在儒家文化中深化。
以見導行、解行並重，更以佛法在面對未來社會變革的應用為特色，
議題為導向，學生為中心，跨專業領域多元學習，
開展佛法應用在教育、管理、科學等研究，關注、解決地球問題。
以菩提道次第廣論、南山律在家備覽及五部大論為核心課程，業果教育為中心，延伸到空性，開正知見之眼，透過儒佛會通將佛法智慧在儒家文化中深化。
以見導行、解行並重，更以佛法在面對未來社會變革的應用為特色，議題為導向，學生為中心，跨專業領域多元學習，開展佛法應用在教育、管理、科學等研究，關注、解決地球問題。
打造幸福人才
快樂＝醒覺的心+健康生活+專業利他
心靈課程認識自己，建立正知見，提升自覺力，創造幸福。
蔬食、住宿、習勞提升對人及土地生態的關懷及環境素養。
學生中心、議題導向，清晰問題意識，專業教師有效教學。
做中學，投入心靈生態村實際打造，累積成果也深化專業。
心靈課程認識自己，建立正知見，提升自覺力，創造幸福。
蔬食、住宿、習勞提升對人及土地生態的關懷及環境素養。
學生中心、議題導向，清晰問題意識，專業教師有效教學。
做中學，投入心靈生態村實際打造，累積成果也深化專業。