佛法與科學的研究是福智佛教學院的重要方向之一。2020年1月17日福智佛教學院籌備處邀請國立台北醫學大學心智意識與腦科學研究所吳昌衛副教授演講「運用神經影像在正念與腦科學研究之趨勢」，探討如何透過功能性磁振造影(fMRI)工具的輔助，以科學角度觀察人類的心緒意念，針對於長久以來人類想要探討身（身體）與心（意識）關係，試圖從神經影像尋求解答。
首先，昌衛副教授分享運用大腦神經影像觀察心緒意念的研究發現的成果，帶著大家認識杏仁核與專注網路（Executive Control Network；簡稱ECN）互動關係：研究發現人們一旦起瞋念、緊張、恐懼等負向情緒發生時，會引動杏仁核活動產生壓力荷爾蒙。所以，當焦慮或生氣時，其實人們的注意力會被杏仁核所引發的情緒所綁架，因而持續纏繞在負面情緒的思緒上，甚至到了執迷的程度。而正念則是運用內在覺察，有效調伏情緒，能使杏仁核平靜下來。
另外從我執的角度來看，研究發現當「什麼都不做」的休息狀態下，心中思緒通常會緣在與我執有關的意樂上，此時大腦中的預設網路（Default Mode Network；簡稱 DMN）會非常活躍，而在專心時DMN反而不太活動，後續研究又發現在憂鬱症患者身上預設網路活動會有異常增高的傾向，推測可能因為心中充斥太多自我有關的想法而焦慮。相對於正常人的休息狀態，以禪修者為對象所進行的研究結果發現，在禪定時部份DMN有活動下降情況，且ECN-DMN的連結增強。長期禪修者即便在休息狀態的DMN活動也減少，但感官知覺（視覺）的感受能力卻增強－這些證據都指出禪修能夠有效抑制DMN的活動。最後昌衛副教授結論指出：正念或禪修活動能對大腦中的預設網路以及專注網路進行調節、降低心中憂慮，因此以正念促進健康老化是可行的方向。
福智佛教學院以「人」為中心，打造能讓自己幸福，也讓別人幸福的幸福人才，是將古老的心靈哲學與最高端科技結合，希望成辦現代教育的菁華學校。研究所開展佛法經典理論與實修，更有豐富的高科技探索，正念與腦科學研究無疑是非常有力的心智意識研究工具，透過科學研究而來佐證、表述佛法是可以達到幸福的。
